Абу-ль-Фарадж родился в 1226 году в городе Малатья в семье врача Аарона . Семья была достаточно состоятельной. Кроме родного сирийского Абу-ль-Фарадж владел арабским, армянским, греческим, персидским, различными монгольскими диалектами, изучал также — богословие и философию. Под руководством отца и других известных врачей города он также приобщался к врачебному искусству.
В 1243 году, опасаясь наступления монгольской армии, большая часть населения города бежала в Халеб. Однако врач Аарон с семьёй остался в Малатье и уже в 1244 поступил на службу к одному из монгольских военачальников, с которым некоторое время разъезжал по завоёванным территориям. В том же году Аарон был отпущен со службы и перебрался вместе с семьёй в Антиохию, столицу Антиохийского княжества. Здесь Абу-ль-Фарадж продолжил своё образование. Вскоре он стал монахом одного из яковитских монастырей, а позднее отправился в Триполи.